Etapa aguda	Menos del 5% de los infectados presenta manifestaciones clínicas patognomónicas (complejo de Romaña, chagoma de inoculación, chagoma hematógeno, otros) en este periodo que dura aprox. 4 meses. En la mayoría de los casos la etapa es asintomática, pasando desapercibida cuando se presentan síntomas clínicos, es letal en el 1% de los pacientes, los casos mas graves se producen en niños pequeños que se infectan durante el primer año de vida.
Fase indeterminada	Sin tratamiento o agravamiento con la muerte en fase aguda, pasa a esta fase donde la única evidencia de la enfermedad es un análisis de lab. con serología reactiva o a veces un parasitológico positivo, no presentando sintomatología clínica ni alteraciones en estudios convencionales como electrocardiograma o radiografía de tórax.
Fase crónica sintomática	Aprox. 2 a 3 de cada 10 pacientes infectados que no recibió tratamiento después de 20 a 30 años de la infección desarrolla lesiones que caracterizan a esta fase. Si bien el parásito puede invadir cualquier célula muestra cierta predilección por células del músculo cardíaco, esquelético y SNC, por lo tanto las manifestaciones clínicas más importantes son meningitis, meningoencefalitis, así como lesiones del SNA del intestino. La destrucción neuronal sería la causa de la aparición de megavisceras (megacolon y megaesófago).

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