secuencias up	secuencias de reconocimiento más alejadas del sitio de iniciación
Mutaciones ascendentes	Aquellas que incrementan la fuerza del promotor. Se asemejan más a la secuencia consenso. Resultado: promotor fuerte
Mutaciones descendentes	Aquellas cuyo resultado es un descendimiento de la fuerza del promotor. Menos similitud a secuencias consenso. Resultado: promotor débil
¿Cómo se puede variar la fuerza del promotor? Factores	-Proteínas reguladoras (activadores) -Topología del DNA
Ejemplos de promotor fuerte y promotor débil	Promotor débil: lactosa (región -10 y -35 varía y por ello se une menos frecuentemente la RNApol) Promotor fuerte: Sigma 70
¿Qué es la enzima núcleo de la RNApol de E.Coli?	conjunto de subunidades sin la subunidad sigma
Estructura RNApol de E.Coli	-Holoenzima: dos alfa, dos beta, un sigma y un Omega. -Enzima núcleo -Favorable al obtenerse 2Pi a partir de 2PP -In vivo necesita Mg+ e in vitro Zn+
Funciones RNApol de E.Coli	-Reconoce sitio iniciación -Desenrrolla las dos hebras de DNA -Sintetiza el RNA -No requiere iniciador -Actividad correctora: puede tenerla o puede ser ayudada a que se describa <br /> -Abre y enrolla la zona transcrita -intetacciona con proteínas reguladoras -Selecciona el NTP correcto -Reconoce sitio de terminacion	Son 9
Actividades de la RNApol. Diferencia de actividad entre Holoenzima y enzima núcleo	*En forma activa es la holoenzima y forma inactiva es la enzima núcleo Se observó que la holoenzima al transcribir si sintetizaba RNA. Sin embargo la enzima núcleo no era capaz de reconocer el sitio de iniciación. Al carecer esta de la sub sigma se atribuye a esta subunidad el reconocimiento del sitio de iniciación.
Subunidad Omega de RNApol de E.Coli. Implicaciones estructurales	-Mantener plegamiento y protección de B' -recluta factor sigma -Ensamblaje RNApol
Orden de ensamblaje del complejo RNApol de E.Coli	1- dos subunidades alfa interaccionan formando un dimero 2- este dimerointerscciona con la subunidad beta. A la vez la subunidad beta' interacciona con Omega formando otro complejo 3- interaccionan los dos complejos= enzima núcleo 4- se une la subunidad sigma
Ordena: unidad de transcripcion; promotor; región activadora	Región activadora-promotor-unidad de transcripción
¿Qué subunidades de la RNApol de E.Coli se encargan de interaccionar con activadores?	Las subunidades alfa interaccionan con la región activadora y la Omega queda próxima a esta siendo accesible a activadores transcripcionales
Interacción con DNA	En iniciación ocupa 75-80pb Canal de DNA (16pb) pero en transcripción ocupa 50-60pb. No solo hay DNA en el canal si no que interacciona con otras regiones/subunidades
Diferencias RNApol T7 y la de E.Coli	T7: no se une a activadores y solo es una cadena polipeptídica
Funciones de NusA	Impide la asociación de subunidad sigma al promotor al unirse ella al promotor.
Enzima CCA	Independiente de molde. Incluye de novo 3nt en el tRNA, usa como sustrato CTP o ATP
Polinucleotido fosforilasa	Independiente de molde. Iniciador extremo 3' del tRNA, usa NDPs
Localización secuencias reguladoras	Hebra codificante (+)
Señales de terminación	Horquilla y zona de poli U
Funciones subunidad alfa RNApol	-Reconocimiento de promotores -Interacción proteínas reguladoras -N-terminal ensamblaje al interaccionar con beta -C-terminal reconoce secuencia UP
Funciones subunidad beta RNApol	-Naturaleza acida -Actividad catalítica, centro activo de la enzima - Unión de NTPs y formación enlace fosfodiéster *Inhibidores: rifamicinas (iniciación) y estreptolidiginas (elongación)
Funciones subunidad beta' RNApol	Unión al DNA, naturaleza básica
Funciones subunidad omega RNApol	-Ensamblaje del complejo - Protege beta' -Recluta factor sigma - Función reguladora: interacción factores de transcripción
Funciones subunidad sigma RNApol y tipo de factores	-Factor de iniciación -Interacciones específicas RNApol y DNA -Factores bacterianos principales: codifican para genes relacionados con el crecimiento (sigma 70). Secuencias consenso similares a las de reconocimiento -Factores bacterianos secundarios: factor ayuno de nitrógeno y de esporulación -Factores bacteriófagos
Regiones factor sigma 70 RNApol	-Región 1: en N-terminal, impide union a DNA de la polimerasa hasta que se une al nucleo. Estabiliza pinza catalítica (beta-beta') -Región 2: helice alfa de reconocimiento, interacciona con caja TATA. Formación burbuja de transcripción, aa aromáticos -Región 3: hélice alfa que interacciona especificax con 2pb de la zona intermedia -Región 4: dominio hélice-vuelta-hélice, reconoce caja -35
Funciones factor sigma 29 RNApol	Proceso de esporulación
Funciones factor sigma 54 RNApol	Niveles de N, controla funcionalidad RNApol al unirse a los promotores. Poca glutamina --> N quinasa (NtrB) --> fosforilación NtrC --> dimeriza (activa) --> unión secuencias intensificadoras Se crea un lazo que permite contactar NtrC con RNApol Tiene act ATPasa
Funciones factor anti-sigma RNApol	bloquea factor sigma e inhibe su función
Mecanismo de corrección RNApol	Reconoce errores por factores estéricos. RNApol retrocede --> extremo 3´protuberante --> ruptura enlace fosfodiester (GreA y GreB)
Funciones GreA y GreB	Separación hidrolítica nt del 3' Estimulan RNApol para la ruptura Edición pirofosforolítica (nt) e hidrolítica (pequeña secuencia)
Dominios interacción RNApol-DNA en la elongación	Dominio RBS: RNA naciente Dominio HBS: heteroduplex RNA-DNA, necesita Mg2+ Dominio DBS: une DNA, pinza Zn2+, estabiliza burbuja
Terminación dependiente de Rho	Rho: hexámero con actividad helicasa, rompe p d H entre DNA y RNA. Rho interacciona con RNA (secuencias rut) y avanza por su actividad ATPasa Cuando llega a una horquilla Rho colisiona haciendo que la RNApol se separe del DNA
NusA	Evita que se vuelva a unir la subunidad sigma a la RNApol
Terminación independiente de Rho	Dependiente de secuencia. Horquillas con regiones palindrómicas que terminan en colas poli-A. Cuando llega a esta zona NusA reduce vel., horquilla rompe interacción con HBS, se disocia. *Terminador intrínseco que se transcribe

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