¿ Cual es el objetivo de la relación cuantitativa estructura-actividad?	Predecir la actividad de nuevos compuestos
Menciona algunos ejemplo de métodos cuantitativos	1. QSAR 2. Rule-based 3. Machine learning 4. Activity landscape (panoramas de actividad)
¿Cuales son algunos requerimientos de la representación molecular?	° Preservación de la información. ° Características de selección. Por conocimiento de las interacciones Por verificación de la consideración * Por métodos de selección de características ° Combinación de diferentes medidas.
¿Cómo se puede describir una molécula 1D cuantitativamente?	Mediante diferentes descriptores como el peso molecular, el número de átomos, etc.
¿Cómo se puede describir una molécula 2D cuantitativamente?	Mediante descriptores como conectividad, número de anillos, coeficiente de partición, etc.
¿Cómo se puede describir una molécula 3D cuantitativamente?	Mediante descriptores como volumen, superficie accesible al disolvente, energías, HOMO, LUMO, etc.
Describe las etapas de un análisis QSAR	1. Estructuras y su actividad en escala continua. 2. Cálculo de descriptores. 3. Relación actividad-descriptores. 4. Evaluación del modelo.
Etapas de un análisis QSAR	1. Recolección y preparación de datos. 2. Identificación de activity cliffs. 3. Cálculo de los descriptores. 4. Construcción de modelos. 5. Validación externa. 6. Interpretación de los modelos. 7. Usos y aplicaciones.
Análisis de Hansch	La actividad biológica o propiedad (considerada como una variable dependiente) es una combinación de los descriptores (variables independientes).
¿Cuando aumenta la mutagenicidad?	° Con sustituyentes R hidrófobos (pi alto) ° Con grupos R electrodonadores
¿A cuales moléculas se les da mayor prioridad en un análisis de Hansch?	Se les da mayor prioridad a aquellas que tengan una menor mutagenicidad calculada.
En una visualización e interpretación del modelo CoMFA, que significan los contornos ROJOS?	Interacciones con q mayor a 0 desfavorecen la actividad.
En una visualización e interpretación del modelo CoMFA, que significan los contornos AZULES?	Interacciones con q mayor a 0 favorecen la actividad.
En una visualización e interpretación del modelo CoMFA, que significan los contornos AMARILLOS?	Interacciones estéricas desfavorecen la actividad.
En una visualización e interpretación del modelo CoMFA, que significan los contornos VERDES?	Interacciones estéricas favorecen la actividad.
Perfil SAR (Activity Landscape Modeling)	Cualquier representación que integre el análisis de la similitud en la estructura y las diferencias en las potencias entre compuestos que comparten la misma actividad biológica.
¿Cual es el principio de similitud?	Nos menciona que moléculas semejantes tendrán propiedades semejantes.
Definición de Activity cliff	Son moléculas semejantes que tiene propiedades muy diferentes.
¿Para qué se realiza la identificación de los activity cliffs?	1. Por que proporciona un alto contenido de información de SAR. 2. Para anticipar problemas de modelos QSAR.
¿Como se realiza la identificación sistemática de los Activity cliffs?	° Por medio de análisis visual. Con series pequeñas de moléculas. ° Por medio de panoramas de actividad Con series medianas o grandes compuestos.
Similitud estructural o molecular	Generalmente codifican información de la estructura o de la sub-estructura.
Similitud química	Generalmente codifica información de propiedades químicas macroscópicas o tambien energías calculadas.
Menciona alguna de las bases del concepto de similitud.	° La similitud química/ estructural/ molecular es una relación de pares. ° Valores de similitud están dados por medidas de similitud ° El cálculo de similitud se hace en un espacio multi-dimensional.
De los tipo de huellas digitales moleculares en 2D, menciona cuales se consideran independientes de la molécula.	° Los basados en diccionario
De los tipo de huellas digitales moleculares en 2D, menciona cuales se consideran dependientes de la molécula.	° Topológicos ° Circulares
Menciona algunas ventajas de los basados en diccionario	Se pueden asociar un bit con un fragmento estructural.
Menciona algunas desventajas de los basados en diccionario	° Moléculas diferentes pueden tener el mismo vector binario. ° Incluir número de fragmentos disminuye esta probabilidad. ° Se puede perder mucha información que puede llegar a ser importante.
¿En que consisten las huellas digitales moleculares circulares o radiales?	Consisten en ir formando estructuras tomando en cuenta un átomo y de ahí contando el número de enlaces que tiene alrededor.
¿Qué es el coeficiente de Tanimoto?	Es la medida del número de fragmentos comunes entre dos estructuras.
¿Cual es la definición de farmacóforo?	Es cualquier ensamble molecular que contiene las características esenciales para la actividad biológica de un fármaco.
¿Cual es y en qué consiste la primera etapa de búsqueda del modelo de farmacóforo?	1. Determinar la identidad del compuesto líder: * Buscar en bancos de compuestos naturales o sintéticos la actividad. * Fármacos ya conocidos. * Buscar en bases de datos de sistemas computacionales las diferentes estructuras.
¿Cual es y en qué consiste la segunda etapa de búsqueda del modelo de farmacóforo?	2. Colección de los datos * Ya sea de publicaciones, patentes, actividades biológicas, propiedades fisicoquímicas, etc, para determinar los efectos en los cambios estructurales de la actividad del fármaco.
¿Cual es y en qué consiste la tercera etapa de búsqueda del modelo de farmacóforo?	3. Análisis * Consiste en integrar la información del fármaco y de la diana biológica para generar una hipótesis acerca de la actividad.
Menciona algunos usos de un farmacóforo.	1. Para diseñar mejores fármacos Por: * modificaciones químicas * Búsqueda en bases de datos * De novo * Manual 2. Estas aproximaciones generan más información que después se puede utilizar para generar nuevas hipótesis y estructuras.
Menciona en que se basa el screening virtual basado en el ligando	° Puede ser en estructuras de rayos X. ° O por medio de algunos inhibidores conocidos.