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Índice general
Se indican los incisos o partes de que consta el protocolo especificando la página correspondiente.
Introducción
La introducción debe concentrar, con fluidez y precisión, de manera discursiva, los principales elementos del problema y de la investigación.
Los elementos a considerar son:

El tema de investigación;
El objeto de estudio;
Las motivaciones de la investigación;
La relevancia del tema;
El listado de los datos que serán recolectados y/o analizados;
La mención del o los métodos de análisis;
Panorámica general del problema que motiva la investigación;
Los resultados genéricos que se espera obtener;
Los alcances espacio – temporales de la investigación.
Los elementos antes listados deben, por lo tanto, ser solamente enunciados, sin abordarlos exhaustivamente.
Planteamiento del Problema
El planteamiento o definición correcta del problema es lo primero que se debe de lograr para no desviar el objetivo de la investigación ni generar cuestionamientos irrelevantes. El alumno debe ser capaz no sólo de conceptuar el problema sino también de verbalizarlo en forma clara, precisa y accesible.
Justificación
En esta parte se trata de describir brevemente aquellos aspectos del contexto y del debate teórico en que se ubica la investigación y que definen su relevancia y su pertinencia.
La justificación debe convencer al lector principalmente de tres cuestiones: que se abordará una investigación significativa; la importancia y pertinencia del tema, objeto de estudio y la utilidad de los resultados esperados, todo ello en función de su contribución a la estructura del conocimiento existente y/o de su aplicación práctica y concreta.
Objetivos
El objetivo general surge directamente del problema a estudiar. Es precisamente el “qué” se va a ofrecer al término del estudio, de aquí que define también sus alcances. En el proceso de investigación, es tan importante la función del objetivo, que si se carece de él o su redacción no es clara, no existirá una referencia que indique al alumno si logró lo deseado.
Antecedentes
Algunos autores lo llaman también marco teórico, marco de referencia o estado del arte. En este apartado se deberá analizar todo aquello que se ha escrito acerca del objeto de estudio: ¿qué se sabe del tema? ¿qué estudios se han hecho en relación a él? ¿desde qué perspectivas se ha abordado?.
Hipótesis
Después de definir los objetivos concretos de la investigación y de plantear el problema, es conveniente formular una o varias preguntas al respecto. Estas preguntas de investigación resumirán lo que habrá de ser la investigación y contribuirán a encuadrar y clarificar el planteamiento del problema al que ésta se va a avocar.
Hay que evitar el hacer preguntas demasiado generales que no conducen a una investigación concreta.
Metodología
La metodología aclara en forma muy detallada los pasos y procedimientos utilizados para llevar a cabo la investigación. Así mismo, debe incluir paso a paso la explicación de todos los aspectos necesarios para reproducir o repetir la investigación, aquí debe quedar muy claro el ‘cómo’ de la investigación.
Recursos materiales y humanos
Se indica y describe el material y equipo que se empleará para el desarrollo del proyecto de investigación. Además, se incluye el recurso humano (investigadores, técnicos, etc.) que participará.
Cronograma
Siempre que se prepara un protocolo es muy importante agregar un cronograma para conocer los periodos de desarrollo para la investigación, explicando detalladamente las etapas del proyecto. En este desarrollo, deben presentarse, agrupadas en bloques, las actividades que el alumno realizará.
Citas y referencias bibliográficas
Al elaborar un escrito o documento académico, se deben agregar referencias en el texto para indicar qué autores o trabajos similares sustentan el trabajo que se presentará en el protocolo de investigación.